Škoda Kodiaq se stala sedmým modelem automobilky, který získal plný počet hvězdiček v nezávislých testech bezpečnosti organizace European New Car Assessment Programme (Euro NCAP). Ty jsou zaměřené na hodnocení ochrany dospělých, dětí, chodců a aktivní bezpečnosti. Karoserie Kodiaqu byla navržena s ohledem na vysokou pasivní bezpečnost, která je podpořena celou řadou asistentů, které mají nehodě zabránit.
Vůz získal v hodnocení ochrany dospělých cestujících celých 92 % a v testech bočního nárazu do překážky dosáhl dokonce plného počtu bodů za dobrou ochranu všech citlivých částí těla. Stejně byla rovněž hodnocena ochrana oblasti krční páteře při nárazu zezadu. Maximální počet bodů udělila organizace Euro NCAP za ochranu nohou chodců v oblasti nárazníku. Příznivě byla hodnocena rovněž ochrana kyčlí a jako dobrá nebo adekvátní byla vyhodnocena ochrana hlavy. Zároveň byla prokázána spolehlivá funkčnost systému nouzového brzdění a to jak v rychlostech typických pro město, tak v dálničním tempu.
Posádku v případě nehody chrání tuhá karoserie a devět airbagů. Součástí sériové výbavy je vedle výškově stavitelných tříbodových bezpečnostních pásů s předepínači a systémem Isofix pro dětské sedačky na zadních sedadlech rovněž automatická aktivace varovných blikačů při prudkém zabrzdění, v případě nehody dojde k automatickému odemčení dveří, aktivaci varovných blikačů a přerušení přívodu paliva. Pokud hrozí kolize, systém proaktivní ochrany cestujících (Crew Protect Assist) kromě toho přivře boční okna i střešní okno a přitáhne bezpečnostní pásy na předních sedadlech. Pokud dojde k nehodě, multikolizní brzda zase zamezí nekontrolovanému pohybu vozidla.
ŠKODA KODIAQ je vybavena kamerami a celou řadou radarových či senzorických systémů. Sledování odstupu od vpředu jedoucího vozidla (Front Assist) včetně funkce nouzové brzdy City a ochrany chodců (Pedestriant Monitor) pomáhá eliminovat kolize s chodci. Panoramatický kamerový systém (Area View) zase ukazuje, co se děje v bezprostředním okolí SUV. Parkovací asistent s automatickým brzděním (Manoeuvre Assist) a Rear Trafffic Alert pomáhají při omezeném výhledu a varují před skrytým nebezpečím.
Adaptivní tempomat (Adaptive Cruise Control), systém pro udržování vozu v jízdním pruhu (Lane Assist), hlídání mrtvého úhlu (Blind Spot Detect), asistent jízdy v dopravní zácpě (Traffic Jam Assist), identifikace dopravních značek (Traffic Sign Recognition) a Emergency Assist patří mezi další bezpečnostní systémy, které ŠKODA KODIAQ nabízí. K dispozici je i asistent rozpoznání únavy řidiče (Driver Alert), který omezuje riziko krizové situace způsobené únavou.
